與一般工業廢水井相比，云南三格化糞池更容易產生沼氣。一般，在排水管道中，即使有水流，沼氣也會隨著水流和井蓋上的孔洞向外排放。云南三格化糞池使用沉淀和連續發酵的基本原理去除生活污水處理中的漂浮有機物，厭氧發酵會產生許多沼氣。

因為城區的云南三格化糞池基本上滿是定形產品，在日常工作上，工作員一般只承擔按標準挑選三格化糞池的材料，整體規劃置放部位。一般三格化糞池會放到平常人不簡單好玩的當地，例如路途美化、路面邊際地帶等。

盡管井蓋上一般有兩個小圓孔，能夠排氣管，但一般都不大，假設設定在路正中間，非常簡單堵塞。沼氣中帶有許多的甲烷氣體，一旦碰到微火源或磨擦就會產生。現階段一切資料的井蓋都抵擋不住。

為了更好地防止云南三格化糞池的發生故障，社區居民不能將剩余的土壤隨意傾倒到三格化糞池中，并保持準時清除;此外，不要將其放在污水管中，以防止火源;此外，每個三格化糞池應配備通風管，以保證其通暢。